A lakóház, amelynek alsó szintjein a zeneiskola ma is működik, Somogyi György építészmérnök tervei alapján 1937-ben bérháznak épült, a Pesti Izraelita Hitközség számára.
A több tagiskolából álló intézmény Hollán Ernő utcai központi épülete Goldmark Zeneiskola néven 1943-ban kezdte meg működését.
1952-ben az intézményt államosították és a "Fővárosi Zeneiskola Szervezet 2. sz. körzete" nevet vette fel.
1969-től a körzeti zeneiskolák általános decentralizációja után, az iskola fenntartója Budapest XIII. Kerületi Tanácsa lett. Ettől kezdve mint "XIII. kerületi Zeneiskola" vált ismertté.
1976 és 1993 között az iskola Szabó Ferenc zeneszerző nevét viselte.
2014. tavaszán vette fel Fischer Annie, világhírű zongoraművész nevét.